Le Congrès Annuel des Internes de Santé Publique 2014 s’est déroulé le 25 juin 2014 à Paris. La diversité des thématiques abordées témoigne de la richesse de notre formation. Certaines approches sont originales et peuvent être particulièrement utiles dans notre exercice quotidien. C’est pourquoi nous vous proposons de découvrir la présentation de Joris Muller intitulé « Développement d’une aide logicielle pour l’activité de consultation méthodologique » :
Résumé
Introduction
La consultation méthodologique (CM) permet d’apporter une expertise sur différents aspects d’un projet de recherche, de la faisabilité jusqu’au rapport d’analyse. La phase d’analyse des données ne peut être réalisée qu’après une phase d’import des données qui peut être fastidieuse, diminuant le temps disponible pour des analyses plus poussées.
L’objectif était de développer une aide logicielle pour la CM au sein de l’équipe du département de méthodologie du CHU de Strasbourg.
Méthode
Nous avons d’abord défini le cadre du problème en observant plusieurs CM. Puis nous avons construit une procédure théorique de la CM permettant de normaliser certains aspects et évaluer à quelle phase une aide logicielle serait utile. Les méthodes de développements devaient permettre de réaliser un package de qualité pour le logiciel R. En particulier, des règles de codages ont été définies, un système de gestion des versions a été mis en place et la programmation orientée objet a été utilisée.
Résultats
L’analyse de la procédure de la CM a permis de définir que les besoins d’aide logicielle apparaissaient surtout au niveau de la phase d’import. Un package a été développé afin de générer automatiquement les scripts R d’import des données et d’analyses univariées simples à partir d’un cahier de variables.
Un autre package pour les analyses biostatistiques générales a également été produit à partir de la bibliothèque de fonctions couramment utilisées dans le service.
Conclusion
La construction d’un logiciel nécessite avant tout une bonne analyse des besoins et doit s’inscrire dans un processus de travail cohérent. Le développement d’un package permet au méthodologiste de construire son outil et donc de le maitriser plutôt que d’en être un simple utilisateur. Il serait intéressant d’évaluer dans la pratique comment l’utilisation de ces packages facilite la CM.
Liens
Si vous voulez en savoir plus, vous pouvez consulter le dépot GitHub du package vartors et voir cette présentation avec un commentaire audio sur cette page.
