desctable, un package R pour la création de tables statistiques

Maxime Wack, ISP à Nancy

Pourquoi ce package ?

Que vous alliez prochainement en stage en épidémiologie ou dans d’autres terrains de stage moins orientés «stats», il faudra certainement passer par la case «réaliser une étude descriptive», et faire au minimum des tableaux descriptifs voire comparatifs.

Cette tâche est vite répétitive, et même s’il existe déjà de nombreuses solutions permettant de produire de tels tableaux, on y retrouve un certain nombre de lacunes rendant leur utilisation en routine peu pratique (résultat figé dans un format prédéterminé et/ou non modifiable, personnalisation du contenu limitée, maniement complexe nécessitant un apprentissage).

Que fait ce package ?

Il permet de générer facilement des tables descriptives, comparatives et comparatives en sous-groupes à l’aide du langage de programmation statistique R, très puissant et gratuit.

Le fonctionnement passe par une syntaxe simple, facilitée par des réglages par défaut pragmatiques, sans toutefois limiter la personnalisation. L’utilisation du package s’intègre parfaitement à l’écosystème moderne d’outils de manipulation de données dans R (tidyverse), et propose différents formats de sortie (excel, html, pdf, word, etc.), prêts pour la publication !

Comment l’utiliser ?

desctable est publié sous licence libre sur le CRAN (Comprehensive R Archive Network) et peut être installé directement dans RStudio.
Le package desctable est organisé autour d’une fonction unique éponyme, dont l’appel simple crée une table descriptive. L’utilisation de group_by (du package dplyr) permet de définir des groupes pour une table comparative.

Les tableaux produits sont complètement personnalisables,  par le choix des statistiques affichées ou des tests utilisés parmi l’ensemble des fonctions R disponibles, et même celles provenant d’autres packages !

Un manuel complet est disponible à l’adresse suivante : https://cran.r-project.org/web/packages/desctable/vignettes/desctable.html